貴州醫科大學原名“貴陽醫學院”,其前身是1938年國民政府批準創建的“國立貴陽醫學院”。創建之初主要以當時的北京協和醫學院、清華大學、北京醫科大學、浙江醫科大學、湘雅醫學院、武漢大學、中山大學醫學院、華西大學、上海醫學院、中央大學、北平大學醫學院等30多所高校的部分師生為基礎組建而成,是當時全國最早直屬國民政府教育部的9所國立高等醫學院校之一,也是貴州第一所正規的高等學校、貴州最早的國立大學。
1950年“國立貴陽醫學院”劃歸貴州省人民政府管理并更名為“貴陽醫學院”;1965年貴陽醫學院中醫系劃離另行組建“貴陽中醫學院”。1981年成為全國首批碩士學位授予單位,1985年成為全國首批“免試推薦優秀應屆本科畢業生攻讀碩士學位”單位,1997年成為全國首批“在職人員以研究生畢業同等學力申請碩士學位”單位,2003年成為貴州省唯一的醫學博士學位授予單位,2006年成為貴州省省屬重點大學,2009年獲批一級學科博士后科研流動站,2011年獲批基礎醫學一級學科博士點,2012年成為全國首批“卓越醫生教育培養計劃”試點高校,2012年成為全國首批“中西部高校基礎能力建設工程”(“中西部100所”或“小211工程”)重點建設大學,2013年成為貴州省首批“2011計劃”認定單位,4月更名為“貴州醫科大學”。
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