安徽醫科大學前身是上海東南醫學院，創辦于1926年5月，1949年底響應中共中央華東局“面向農村，走向內地”的號召，內遷安徽省懷遠縣，成為安徽省第一所高等醫科院校。1952年遷至省會合肥市現址，改名為安徽醫學院。1996年6月經國家教委批準，更名為安徽醫科大學。學校占地約86萬平方米（1296畝），建筑總面積約70余萬平方米。建校以來，共為社會培養醫學人才38000余人。學校堅持規模、結構、質量、效益協調發展，辦學水平不斷攀升。學校的辦學定位是建設特色鮮明、國內先進水平的教學研究型醫科大學。2006年10月，學校成功地舉辦了以“人文、學術、創新”為主題的80周年校慶，成立校董事會和校友聯誼會。學校將現代著名教育家蔡元培先生專門為學校前身東南醫學院畢業生的題詞“好學力行，造就良醫”，確立為新校訓。