安徽醫科大學現在有4個校區，分別為安徽醫科大學梅山路校區、翡翠路校區、東校區（在建）、巢湖臨床醫學院院區。

安徽醫科大學為安徽省省屬重點大學，由教育部、國家衛生與計劃生育委員會和安徽省人民政府共建。學校位于安徽省會合肥市，校園環境優美，交通便利。學校將現代著名教育家蔡元培先生為學校前身東南醫學院師生的題詞“好學力行，造就良醫”確立為校訓，弘揚“愛國愛民，致力于建設高水平醫科大學。

1、安徽醫科大學梅山路校區

地址：安徽省合肥市梅山路81號

2、安徽醫科大學翡翠路校區

地址：安徽省合肥市蜀山區翡翠路15號

3、安徽醫科大學東校區

地址：安徽省合肥市瑤海區裕溪路

4、安徽醫科大學巢湖臨床醫學院院區

地址：安徽省巢湖市巢湖北路

學校現有梅山路校區、翡翠路校區、東校區(在建)、巢湖臨床醫學院院區等4個主要校區，校園占地面積1820畝。有直屬教學機構16個，直屬附屬醫院6所(第一附屬醫院、第二附屬醫院、第四附屬醫院、附屬巢湖醫院、附屬阜陽醫院、安徽省口腔醫院)。