京協和醫學院有1個校區，校本部。

中國協和醫科大學其前身是"北京協和醫學院"。中國醫學科學院成立于1956年，是我國唯一的國家級醫學科學學術中心和綜合性醫學科學研究機構。現有中國科學院和中國工程院兩院院士28人，“*”人選14人，教育部“*獎勵計劃”特聘教授15人，*講座教授3人，杰出青年基金獲得者35人，國務院學位委員會委員1人、學科評議組成員9人，在崗博士生導師654人，碩士生導師845人。

校本部：北京市東城區東單三條9號

為探求中國高等醫學教育改革的創新模式，北京協和醫學院與清華大學于2006年9月起開展合作辦學，可同時使用“北京協和醫學院??清華大學醫學部”作為第二名稱，并依托清華大學，部分進入“211”和“985”工程平臺建設行列。