首都醫科大學有2個校區，分別是校本部、燕京醫學院。

首都醫科大學建校于1960年，是北京市重點高等院校，已故著名泌尿外科專家、兩院院士、全國人大常委會副委員長吳階平教授為首任校長。現任黨委書記李明教授，校長呂兆豐教授。學校校本部設有10所學院和1所研究院。

首都醫科大學校區及地址

豐臺校區：北京市豐臺區右安門外西頭條10號

首都醫科大學基礎醫學院：五年制基礎醫學專業、七年制臨床醫學專業、七年制臨床醫學專業(兒科醫學專業方向)、七年制口腔醫學專業、五年制本科臨床醫學專業、五年制本科口腔醫學專業、五年制本科基礎醫學專業

燕京醫學院：大東路4號。　

首都醫科大學燕京醫學院位于風景優美的北京市順義區潮白河畔。燕京醫學院的前身是北京醫學高等專科學校，在衛生部原部長崔月犁同志的倡議下，學校于1985年開始籌建首都醫科大學燕京醫學院，于1987年3月經國家衛生部和北京市教委批準并報國家教育部備案正式成立