中國藥科大學有2個校區，分別是玄武門校區、江寧校區。

中國藥科大學是一所歷史悠久、特色鮮明、學風優良、在藥學界享有盛譽的教育部直屬、國家“211工程”重點建設的大學，是我國首批具有博士、碩士學位授予權的高等學校之一。

玄武門校區

南京市鼓樓區童家巷24號

江寧校區

南京市江寧區龍眠大道639號

兩個校區占地近2200畝。建筑面積50余萬平方米。教育部2008年學科評估中，中國藥科大學一級學科藥學名列全國第一、一級學科中藥學名列全國第三。2012年第三輪全國高校學科評估結果發布，中國藥科大學共有3個一級學科參評，2個學科排在前5位，其中，藥學排在第三位，中藥學排在第二位。