孔氏家族的族譜是中國歷史上延續時間最長、包羅內容最豐富、譜系最完整的族譜。孔氏宗族視修譜為合族大事，通過修譜可以把居住分散、血緣關系相對疏遠的孔氏族人組成一體，從而達到“詳世系、聯疏親、厚倫誼、嚴冒紊、序照穆、備遺忘”的目的，修譜還可以有效地防止和清查“外孔”的滲入。

最初的孔氏家譜，只是以抄本傳世，記載世襲奉祀的宗子名字。北宋元豐八年（1085年)，官居朝議大夫的孔子四十六代孫孔宗翰深感個別抄本易于散失，而且每代僅錄一人，使家族中許多賢達之士未能載入史冊，年代久遠后必被湮沒，決定廣收資料，創修孔氏族譜。這是孔氏宗族的第一部族譜，將本族嫡系及支庶一并收入，正式鏤版印刷。

孔宗翰之后的四百年間，宋、金、元歷朝更替，屢值兵燹戰亂，其間孔氏譜牒雖曾進行過重修，但沒有正式刊刻。明代弘治二年(1489年)，才又一次組織重修并付印。這次重修的族譜接受以往瀕于失傳的教訓，特對修譜之事作了文字上的規定：此后族譜“六十年一大修，三十年一小修，大修以甲子為期”。按此規定，應當在嘉靖四十年(1561年)左右修譜，但由于種種原因，修譜工作比規定時間向后拖了六十多年，直到天啟二年(1622年)才纂修族譜，這距上次修譜已有133年的時間。而后的康熙、乾隆朝的甲子年均按時修譜，但乾隆甲子(1744年)負責修譜的是孔繼汾，他后來因被告觸犯了清朝《會典》而陷入文字獄，充軍到新疆伊犁。在以后的一百多年里沒有再大修過族譜，直到民國九年(1920年)倡修全族大譜，經17年努力，在民國二十六年方大功告成。這部民國族譜是最大規模的一個孔氏全國合族大譜。

北宋元豐及明弘治年間所修的孔氏族譜，久已亡佚，今天能看到的只有天啟、康熙、乾隆和民國所修的四部。從這四部族譜的纂修人員的設置來看，可以發現，隨著世代推移，修譜機構的設置規模逐漸擴大。為確保修譜工作的順利進行，衍圣公府建立了一整套嚴密的組織機構和人事安排，如乾隆九年(1744年)修譜時，設立鑒定一人，由衍圣公擔任；監修二人，由三品執事官和世襲翰林院五經博士擔任；提調二人，由正一品蔭生候選員外郎和曲阜縣世職知縣擔任；以下編次、掌收、校閱、譽錄、督刊、收發等職，也是各由四品執事官、候選州同知之類有官職者及有科名的人員擔任。到民國時期最后一次大修時，衍圣公孔德成主持，專門設立了“曲阜全國孔氏合族修譜辦事處”(簡稱“譜館”，古時稱：“纂局”)，孔德成任總裁，由族長孔傳蜻等三人主持日常工作，譜館有職員66名，另有一些勤雜員役。修譜時，衍圣公府要先行制訂條規、頒布榜示，制訂統一格冊和修譜誓詞。然后擇吉日舉行儀式，告廟致祭后，各執事人員進入修譜的專設機構纂局內辦公。族譜纂修完成，要在孔廟舉行隆重的告祭儀式。各戶族眾按規定領到新譜后，即將舊譜交至族長，立即焚瘞。如有失落舊譜者，即聲明，該戶頭戶舉出具證明，刻附譜后。