1966年5月，長達10年的"文化大革命"正式爆發。在"文化大革命"發動時，各地正按既定計劃開展四清運動。為了能使"文化大革命"順利進行，各地都對四清運動進行重新部署，并把"文化大革命"納入四清計劃之內。

1966年8月，中共八屆十一中全會在北京舉行，會議通過了《中國共產*委員會關于無產階級文化大革命的決定》(簡稱《十六條》)，文件指出，"文化大革命"使城鄉*教育運動更加豐富、更加提高了，必須把兩者結合起來進行。各地區、各部門可以根據具體情況進行部署。

在農村和城市企業進行*教育運動的地方，如果原來的部署是合適的，又做得好，就不要打亂他，繼續按照原來的部署進行。但是當前的"文化大革命"運動提出的問題，應當在適當的時機，交群眾討論，以便進一步大興無產階級思想，大滅資產階級思想。有的地方以"無產階級文化大革命"為中心，帶動*教育運動，清政治、清思想、清組織、清經濟。這樣做，如果那里黨委認為合適，也是可以的。

但隨著"文化大革命"的不斷深入，四清運動中的許多做法和部署已不適應"文化大革命"的需要了。1966年11月27日，譚震林就今冬明春開展農村"文化大革命"和四清運動的幾個原則性問題向周恩來、陶鑄、陳伯達、康生、李富春以及中央文革小組寫出請示報告。報告指出，"文化大革命"與四清的結合，《十六條》上是兩種提法。現在看來，四清運動中下臺的干部，只要貧下中農大多數沒有意見，也不準翻案，四清工作隊也應肯定。

但是，各地原來的四清部署和做法，還有不少框框，繁瑣哲學，人海戰術，包辦代替等等，有了"文化大革命"的形勢和大民主的經驗，就不能再按原來的一套部署去做了。應該加以改變，不改變也行不通。因之，似以明確肯定以"文化大革命"為中心帶動四清的提法為好。12月15日，中共中央發出《關于農村無產階級文化大革命的指示(草案)》，規定把四清運動納入"文化大革命"中去。在"文化大革命"中，解決四清問題和四清復查問題。

此時，毛澤東對四清運動已不感興趣了。在1965年1月的中央工作會議上，毛澤東已透露出這種想法:你只要不觸及全面問題，枝枝節節、修修補補不行。這年5月，陪同毛澤東上井岡山的湖南省委第一書記張平化要向他匯報一下湖南社教的情況，毛澤東說:"不用匯報了，情況我都知道。

現在看來光搞社教運動不能完全解決問題。"1967年2月8日，毛澤東會見阿爾巴尼亞勞動*書記處書記卡博以及國防部長巴盧庫談話時又指出:"過去我們搞了農村的斗爭，工廠的斗爭，文化界的斗爭，進行了*教育運動，但不能解決問題，因為沒有找到一種形式，一種方式，公開地、全面地、由上而下地發動廣大群眾來揭發我們的黑暗面。"這樣，四清運動就無法開展下去，而讓位于正在蓬勃開展的"文化大革命"。