1991年3月，時任齊齊哈爾第一機床廠教育處副處長曹勇安整合社會閑散資源創辦民辦自考助學院校；1993年4月，鑒于發展壯大起來的學校尚無校名，黑龍江省教委批校名為黑龍江東亞大學；1993年7月，學校兼并了齊齊哈爾第一機床廠職工機電學院,從此具有了國有資產存量和全民身份的教職工，為混合所有制院校之雛形；2001年3月，經黑龍江省人民政府批準，在黑龍江東亞大學基礎上成立齊齊哈爾職業學院；2011年4月，經教育部批準，學院升格更名為齊齊哈爾工程學院。經學院申請，黑龍江省人民政府批準學院隸屬齊齊哈爾市人民政府，成為市屬地方本科高校。

學院設機電工程系、交通工程系、建筑工程系、信息工程系、管理工程系、基礎部、職業發展中心、馬列教研部等教學機構。目前，校本部全日制本、專科在校生7000余人，專任教師363人。開設涵蓋經、管、文、法、工、農、醫、藝等學科的17個本科專業和26個專科專業。

辦學25年來，學院充分發揮“混合所有制”優勢，堅持“辦學以市場為中心、教育以學生為中心、工作以績效為中心”。積極探索“政校企合作、產學研一體、教學做合一”的辦學模式，致力于培養“應用性職業型的創業者”。學院1998年首創的“委托管理”辦學模式（此模式已被寫入《國家中長期教育改革和發展規劃綱要（2010?2020）》，并成為中國民辦教育改革30年典型案例之一），2013年托管了三亞城市職業學院，托管了甘南縣農村職業教育，所進行的“從黑龍江畔到南海椰林、從城市到鄉村”的委托管理實踐，已取得顯著成果。學院教育改革實踐已成為國家教育行政學院的經典教學案例，院長曹勇安教授連續18年被國家教育行政學院聘為兼職教授，是職業教育領域、新建本科高校和民辦高校中唯一受聘的院（校）長。