進一步優化，名列部屬高校前茅。有一批國內外知名專家、學者在校治學執教：其中中國科學院院士4人、中國工程院院士3人，11個“*”，山東拾泰山學者”特聘教授4人，“筑峰人才工程”、“綠卡人才工程”崗位教授13人，國家級有突出貢獻的中青年專家9人，國家杰出青年基金獲得者12人，享受國務院政府特殊津貼專家101人，入選國家“百千萬人才工程”一二層次8人，入選教育部新（跨）世紀人才44人，中國青年科學家獎1人。中國當代著名作家王蒙擔任顧問、教授、文學與新聞傳播學院名譽院長，原國家海洋局局長王曙光受聘海大顧問、教授、海洋發展研究院院長，著名畫家范曾擔任人文社會科學研究院院長，6位諾貝爾獎獲得者受聘為名譽教授，5位知名作家受聘為“駐校作家”，還有500多位國內外專家、學者組成的“客座教授團”以及來自十幾個國家的40多位專家、學者組成的“海外教授團”。

“十五”以來，我校科技成果豐碩，國家三大科技計劃項目數位居涉海單位之首：主持“863”計劃項目總經費2億元，其中2006年學校“十一五”863計劃項目合同總經費1億元；國家自然科學基金每年平均2000萬，列全國高校約第25位；主持3項國家重大基礎發展規劃（973）項目，占已立項涉海項目的30％，主持項目數列全國高校第9位。“十五”以來，我校獲國家自然科學二等獎1項、國家科技進步二等獎3項、山東省科學技術最高獎1項、省部級一等獎22項、省部級二等獎34項、人文社會學科省部級以上獎勵32項。被SCI、EI、ISTP等收錄論文2800余篇，人均數列部屬高校前列；申請發明專利592項，已授權的發明專利229項。

2006年4月，學校“十五”“211工程”建設順利通過專家驗收。2007年1月，學校獲得教育部、國家海洋局、山東盛青島市“985工程”二期共建支持。